Po tym pierwszym zetknięciu się z siostrami, zachęcona do pracy, jeszcze przez cały rok pozostawała Franciszka Maria w Starym Siole w zaciszu domu rodzinnego.
Zapewne częste wyjazdy, korespondencja z o. Honoratem i M. Elżbietą Anną Stummer przerywały te ostatnie dni pobytu w rodzinie, którą miała opuścić. Rozmowy z Matką Paulą Małecką i innymi siostrami ze Zgromadzenia Sercanek wypełniły ostanie chwile.
W duszy ciągle tkwiło to gryzące pytanie: czy to naprawdę wola Boża, czyja muszę opuścić sercanki, czy ja potrafię sprostać zadaniu? Ale wyraźnie w duszy słyszała słowa o. Honorata: Pan Jezus tego chce, abyś ty zajęła się pracownicami i pokierowała Zgromadzeniem. Były one jasne, nie mogły jej mylić, musi więc opuścić ukochane sercanki i rozpoczętą pracę, i znowu zaczynać od nowa. Wbrew własnemu sercu i osobistym upodobaniom zabrała się do uprawiania tej nowej winnicy Pańskiej.
Wynajęła więc Maryla mały pokoik u pani Gabrieli Herman, wdowy, która była siostrą zjednoczoną Zgromadzenia Sióstr Sercanek. W roku 1887 przyjechała do Warszawy i zamieszkała przy ul. Bednarskiej 19.
Podobnie jak poprzednio wyjazd swój tłumaczyła przed rodzonym ojcem pragnieniem ukończenia nauki. Ojciec, chociaż nie ufał jej, to jednak i tym razem zgodził się i przyrzekł przesłać potrzebne fundusze na utrzymanie.
Maria Witkowska tak pisze w 1889 r. o tej sprawie do o. Honorata: "Jeszcze raz chcę z Ojcem pomówić o moim egzaminie, bo ze mną tak jest, że jak Ojciec na co chętnie się nie zgodzi i serdecznie nie pobłogosławi - to nie wierzę, żeby się udało - to też na egzamin musi być takie błogosławieństwo. Głównie chcę go zdać dla miłości mego rodzonego ojca, że on nigdy ze mnie prawdziwej pociechy nie ma, zawsze zaczynałam, a nigdy porządnie nie kończyłam. Ten patent go ucieszy i będzie on ze mnie zadowolony, łatwiej mi będzie tłumaczyć się z mego postępowania, pokażę mu, że mogę poważnie myśleć, zaczęłam i skończyłam, a to wiedzą, że nie wiem już, który raz zaczynam, a nie kończę i tyle się już czasu i pieniędzy na to wydało, że z tych wszystkich powodów, gdyby Ojciec to pochwalił, to bym rada mieć patent, zresztą może mi się na przyszłość przyda. Więc jeżeli Ojciec zgadza się, czekam serdecznego błogosławieństwa".
Jak z treści przytoczonego listu wynika, Maria pragnęła koniecznie zdobyć dyplom, ale wiedziała, że tylko wtedy cel swój osiągnie, jeśli temu jej pragnieniu pobłogosławi, przez o. Honorata, jej Boski Oblubieniec.
W całym swoim postępowaniu kierowała się duchem wiary i upatrywała tylko tego, czego oczekiwał od niej Bóg.
Trzy zadania do realizacji stanęły przed Matką Franciszką Marią Witkowską: osobista praca wewnętrzna, organizacja Zgromadzenia połączona z pracą nad duszami oraz nauka. Franciszka Maria ma lat 21, jest szczupła, wysoka, ubiera się bardzo skromnie, prawie ubogo. Nosi najczęściej beżową suknię, czarny obcisły kaftanik i czarny kapelusik albo czarną chustkę, zbliżoną do welonu zakonnego, jest skupiona, na twarzy jej maluje się pokój. Oczy jej zawsze wpatrzone w głąb duszy, gdzie mieszka Bóg, z miłością spoglądały na dwie aspirantki, które przyszły, aby razem z nią zamieszkać i rozpocząć pierwszy nowicjat Sióstr Imienia Jezus.
Dnia 10 grudnia 1887 roku Matka Franciszka Maria razem z Marią Mażan i Walerią Zajdel zaofiarowały się Panu Jezusowi przez Maryję, aktem ułożonym przez o. Honorata i zaczęły w ukryciu przed światem, w wielkim ubóstwie i wyrzeczeniu swoje życie zakonne.
Po złożeniu tego aktu zamieszkała wspólnie z siostrami przy ulicy Bednarskiej 19, w mieszkaniu wynajętym od Gabrieli Herman. Mieszkanie jej składało się z maleńkiego gabineciku, gdzie przyjmowała gości i ciemnej alkowy, w której sypiała. Alkowa - był to maleńki pokoik bez okna, niski i duszny, a tym samym bardzo nieodpowiedni dla osoby chorej.
Całe umeblowanie gabineciku o jednym oknie stanowił skromny, biały stolik, dwa małe krzesła i dwa tapczaniki.
Siostry zajmowały większy pokój, który jednocześnie był sypialnią, refektarzem, kaplicą i pracownią.
Urządzenie tego pierwszego domku organizującego się Zgromadzenia Sióstr Najświętszego Imienia Jezus tchnęło franciszkańskim ubóstwem i prostotą. W refektarzu znajdował się prosty, drewniany stół, takie same krzesła i ławki. Nakrycie stołowe składało się z kubków glinianych i kamiennych oraz drewnianych łyżek i łyżeczek. Potrawy proste, nieraz bardzo skromne i niewystarczające, smakowały doskonale. Ten surowy tryb życia, chociaż w pierwszej chwili przerażał niektóre, był prawdziwą radością i weselem tych Franciszkowych córek pełnych zapału i miłości.
Franciszka Maria Witkowska była w tym pierwszym nowicjacie i nowicjuszką, i mistrzynią, i matką zarazem tego domku, w którym prowadziła życie prawdziwie nazaretańskie w ubóstwie, skupieniu i zjednoczeniu z Bogiem.
Pod jej kierunkiem pracowały i uczyły się życia zakonnego pierwsze siostry oraz przygotowywały się do przyszłych prac apostolskich, zarabiając jednocześnie na swoje utrzymanie w małej pracowni, jaką wtedy prowadziły. Dzień za dniem upływał w skupieniu, pracy i modlitwie.
Matka Założycielka uczyła te pierwsze nowicjuszki katechizmu zakonnego, wpajając w ich serca umiłowanie życia ukrytego i czuwała nad obserwancją, rozwijając w ich duszach ducha modlitwy i życie wewnętrzne, które sama tak bardzo ceniła, o czym świadczy następujące jej zdanie: "Cóż to wszystko znaczy wobec piękności życia wewnętrznego". Rozumiejąc, że "świętość nie jest dziełem jednej chwili", nie zrażała się niczym, pilnie strzegła każdej duszy i pouczała ją o wszystkim, co tyczyło życia zakonnego, bo wiedziała, że aby osiągnąć doskonałość w życiu zakonnym, "trzeba mieć o wszystkim gruntowne i jasne przekonania".
Plan dnia zanotowany w osobistym notesie Matki Założycielki, daje nam obraz jej pracy i modlitwy oraz pierwszych sióstr razem z nią przebywających.
4.30 - 5.00 wstanie
5.00 - 5.30 medytacja
5.30 - 6.00 officjum
6.00-730 Msza św. (w kościele św. Krzyża)
7.30 - 8.00 officjum, Litania, modlitwa przed pracą, śniadanie
8.00 - 9.00 porządek, rachunki, listy
9.00 - 10.00 przygotowanie do lekcji
10.00 - 11.00 czytanie, lekcja
11.00 - 11.30 pisanie
11.30 - 12.30 rachunek sumienia, obiad, adoracja, 3 minuty, akty popołudniowe, nauka
12.30 - 13.00 zgromadzenie, roboty ręczne
13.00 - 14.00 ścisłe milczenie, czytanie, druga medytacja
14.00 - 16.30 nieszpory, nowenki, konferencja
16.30 - 17.30 kompleta, adoracja
18.00 - 19.00 zgromadzenie
19.00 - 21.00 posłuszeństwo i konferencja
21.00 - 21.30 modlitwa, spoczynek
W dni wytężonej pracy wplatała się tęsknota za opuszczonym Zgromadzeniem sióstr sercanek, początkowo tłumiona w sercu przypomnieniem słów kierownika duszy, powoli jednak rosła i wprowadzała niepokój w utrudzoną duszę Matki Założycielki, która w swoim życiu wewnętrznym krok za krokiem posuwała się naprzód, kierowana więcej wewnętrznym działaniem Ducha Świętego, do którego miała nabożeństwo, niż radami spowiednika, jak sama pisze: "niektóre dusze potrzebują dużo rad i wskazówek od spowiednika, dusza moja nie potrzebuje tego, sama dojdzie do oświecenia w rzeczach duchownych za pomocą łaski Ducha Świętego".
Niemniej jednak w swojej pracy wewnętrznej ściśle uzależniała się od o. Honorata i polegała na jego zdaniu. Sąd o owocach i użyteczności swojej pracy jemu pozostawiała, jak notuje: "W objawach zewnętrznej użyteczności należy poddać się woli Boga, a o ile mi się one będą wydawać obfite w skutki lub nie, to mię już obchodzić nie powinno, bylebym się starała spełniać wolę Boga, a czy ją spełniam, o tym nie decyduję, to rzecz spowiednika", albo "wybrałam Ojca za przewodnika i chcę patrzyć na rzeczy jego okiem, bo tak mi zasady posłuszeństwa dyktują".
I choć nasuwały się wątpliwości, odnośnie do tego rodzaju powołania, początkowo usuwała je wyżej wspomnianymi myślami i coraz dalej posuwała się w ufności ku Bogu i zawierzeniu Jego dobroci.
Z każdym dniem trudności w pracy, a przede wszystkim w głębi jej duszy rosły. Raz po raz notuje wskazówki o. Honorata, który do niej pisał: Chodzi o to, by skutek posłuszeństwa kochać - a jest nim zlanie się z Bogiem" lub innym razem: "Trzeba się starać o wewnętrzne głębokie uspokojenie" i "położyć w Bogu ufność bez granic".
Często zatapiała się w gorącej modlitwie, u Jezusa szukając światła i pomocy, do sióstr odnosiła się serdecznie i starała się okazywać im pogodne oblicze. W związku z tym, w swoim dzienniczku zapisała takie postanowienie: "przełamywać smutek i ponurość charakteru, w chwilach wolnych starać się być wesołą i rozmowną".
Nie zawsze jej się to udawało i siostry wspominały o tym, że twarz Matki, choć spokojna, pełna dobroci i słodyczy, często powlekała się smutkiem, ale nie znały przyczyny jego, bo Matka nigdy o sobie nie mówiła. W tym duchowym zmaganiu, jakie toczyło się między pragnieniem jej serca a żądaniem Bożym, uspokajała siebie zanotowanym zdaniem: "Ja teraz bezwarunkowo pełnię wolę Bożą, więc o cóż więcej mam się troszczyć, skoro w tym stwierdzeniu zamyka się cała doskonałość". Nie miała jednak pokoju w duszy i w listach do o. Honorata raz po raz wysuwa swoje wątpliwości i walkę. Nie cofała się przed posłuszeństwem, ale jak sama wyznaje, wiele cierpiała, wierząc przy tym, że nie znajdując żadnego zadowolenia w tego rodzaju pracy, tym czystszą może mieć intencję. Pisze tak: "To dobrze, że ja do tego nie mam zapału, ale z ogrójcową męką się zabieram, Bóg mi każe pić ze swego kielicha".
Lękała się również, że nie posiadając kanonicznego nowicjatu, nie przygotuje się dobrze do dalszego życia zakonnego, na co ten wnikliwy kierownik dusz, dobrze rozumiejący życie zakonne odpowiedział jej, że "dusze, które są fundamentem zakonu inaczej się ocierają niż zwykłe cegiełki i bez elementarnych początków" potrafią być dobrymi zakonnicami i zachęcał ją, aby często przypominała sobie, że Pan Jezus więcej od niej cierpiał i trwała mężnie na posterunku, modląc się dopóki Bóg zechce.
Jedyną siłą podtrzymującą ją w cierpieniu i zachęcającą do działania, było głębokie przekonanie, że to jest wola Boża, którą miłowała ponad wszystko i z całym zrozumieniem mówiła: "ani kroku nie postąpię, dopóki nie wierzę, że życiem moim kieruje Bóg".
I kiedy pokusa uderzyła w ten zasadniczy punkt jej życia wewnętrznego, wtedy dusza jej nie umiała walczyć i dalej trwać w swoim powołaniu. Zanotowała w swoich notatkach kilka zdań z listów o. Honorata pisanych do niej w tym czasie. Naświetlą one nieco tę sprawę: "Ty jesteś teraz jakaś rozkapryszona i nie słuchasz spowiednika, trzeba ciebie wziąć krótko", "trzeba się zgadzać z wolą Bożą, dlaczego nie znosić, kiedy On tak chce", "tęsknota, osamotnienie, nic dziwnego, że czujesz nasze wygnanie".
W czasie tej walki rosło poznanie Boga z równoczesnym poznaniem siebie, które nawet zrodziło w tej czystej duszy niepokój.
Zaczęła się martwić swoimi upadkami i lękać się o swoje zbawienie. Był to rok 1888 i 1889 - bliższych dat tych przeżyć i wypowiedzi z nimi związanych ustalić się nie da, ale pewne jest, że te dwa rodzaje przeżyć miały miejsce w czasie organizowania Zgromadzenia, w dwu pierwszych latach. Ojciec Honorat uspokajał tę duszę, widząc w niej coraz dalej posuwające się działanie Boże, które oczyszczało jej wiarę i nadzieję i rozpalało gorącą miłość skłaniającą jej serce do zupełnego zdania się na Boga i zachęcał do wytrwania: "Bądź cierpliwą w znoszeniu samej siebie, wytrwale, choć powoli, bo nie ten zbawiony kto dobrze zaczął, kto trwa w dobrym, ale kto skończy dobrze. Ciesz się i dziękuj Bogu, że ci daje poznanie samej siebie i upokarzaj się, bo sama nic nie możesz, wszyscy my źli i obrzydliwi i nic więcej, moc Twoja w Chrystusie" i upewniał: "Bóg cię kocha i pragnie więcej Twego zbawienia niż Ty sama" "Więc cóż, że upadasz, boś nędzna". I wskazywał jej miejsce bezpieczne schronienia w chwilach niebezpieczeństw i siłę do wsparcia jej nędzy. "Zachwycaj się tylko Chrystusem Panem i nędzę swoją przyjmuj, staraj się mieszkać w Sercu Jezusa, myśl o Nim, w wyobraźni je sobie przedstawiaj i módl się możliwie gorąco, niech Serce Jezusa będzie dla Ciebie wszystkim".
W 1889 r., w maju lub czerwcu walka ta skończyła się wyjazdem Maryli Witkowskiej do Starego Sioła, z postanowieniem nie powrócenia więcej do osieroconej gromadki sióstr, które bardzo boleśnie to opuszczenie przeżyły, tym bardziej, że nie wiedziały i nie przypuszczały, co się w duszy Matki działo.
Matka, wyjeżdżając do domu rodzinnego pod pozorem odpoczynku, nic im o swoich zamiarach nie powiedziała, tylko zawiadomiła o. Honorata o swoim postanowieniu, a on sam nie chcąc tej gromadki sióstr pozostawić bez przełożonej, przysłał na jej miejsce panią Walentynę Kobylińską, byłą felicjankę.
W domu na Bednarskiej zapanował smutek i chłód. Siostry rozpoczęły szturm do nieba, aby Bóg powrócił im matkę i skłonił jej serce do ostatecznej zgody. Z ostatnich dni przed wyjazdem znajdujemy notatkę z datą 7 maja 1889 r.: "Życia cel jedyny - walka o świętość. W smutku pocieszać się, że Bóg za rezygnację ześle radość i pociechę ducha. Co najmniej trzecią część życia przeżyłam, o Boże, niechże reszta życia mego będzie nieustanną miłości ofiarą".
Dnia 29 czerwca tego roku, jak sądzić można już po opuszczeniu Warszawy, zanotowała: "Niech cię nic bardzo nie straszy - śmierć od wszystkiego uwolni. Modlitwa najpierwsze na wszystkie pokusy lekarstwo. Modlić się wiele, ciągle, usilnie przez przyczynę świętych. Zatopić się, zagrzebać się, pogrążyć się w Bogu na zawsze. Mile wszelkiego rodzaju cierpienia przyjmować, bo na sercu moim chcę, by się odbił obraz Ukrzyżowanego".
Franciszka Maria pomimo walki wytrwale dążyła do świętości jako jedynego celu swojego życia i coraz bardziej odrywała się od wszelkich pociech, które nie mogły nasycić jej serca. Modlitwa była dla niej umocnieniem i im więcej czuła się słaba, udręczona i nieudolna, tym więcej się modliła i szukała ratunku u Jezusa. W momentach przytłaczającego smutku myślała ze spokojem o śmierci, która zakończy cierpienia i niepewność. Ponad tym wszystkim w duszy jej unosiło się jedynie pragnienie, aby stać się nieustanną miłości ofiarą i wyryć na własnym sercu obraz Ukrzyżowanego. Bóg był dla niej jedynym celem, pociechą i mocą, nic co ziemskiego nie mogło dać jej radości i zaspokoić jej pragnień.
W takim usposobieniu spędzała wakacje w Starym Siole, często pytając: Panie, powiedz, co mam dalej czynić?
za: K. Trela, Za wolność Kościoła. Sługa Boża Franciszka Maria Witkowska, Warszawa 2005.
za: K. Trela, Za wolność Kościoła. Sługa Boża Franciszka Maria Witkowska, Warszawa 2005.