W oczekiwaniu na przybycie swego Boskiego Oblubieńca pilnie krzątała się, przygotowując Mu maleńki domek i prosząc gorąco, aby raczył zamieszkać razem z jej duchowymi dziećmi, które ona musi wkrótce opuścić. W duszy jej brzmiały słowa św. Tomasza z Akwinu:
"O Najświętsza pamiątko śmierci Jezusowej,
Chlebie żywy i żywot dający wciąż nowy,
Spraw, niechaj Tobą żyje duch mój w wewnętrznym niebie
I w Tobie się zatapia, zawżdy wnurza w Ciebie",
i napełniały ją mocą i siłą, a serce otuchą i choć rumieniec gruźlicy zdobił twarz, a kaszel męczył nieustannie, choć płuca nie miały czym oddychać, szła mężnie naprzód, spełniając codzienne obowiązki, załatwiając pilne interesy, pouczając siostry, zachowując całą surowość życia zakonnego.
Zaledwie dała się uprosić na bardziej pożywne pokarmy i sen w ciągu dnia. Mimo wszystkich zabiegów lekarskich i wielkiej troskliwości sióstr i s. Pauli, która była wtedy jej zastępczynią, nikła w oczach i widać było, że choroba robi duże postępy. Matka jednak, jakby w nią nie wierzyła, pracowała jak dawniej i obcowała jeszcze z siostrami na co dzień.
W pierwszych dniach po przyjeździe, na rekreacji, z zachowaniem wszelkiej ostrożności, pokazała im kopię dokumentu na cieniutkim papierze, przywiezioną z Rzymu i powiedziała, że już w krótkim czasie Pan Jezus zamieszka z nimi w ich ubogim domku przy ul. Nowogrodzkiej 21 w Warszawie. Kopia ta zaginęła w okresie prześladowania przez Bazylego Tjażelnikowa, a oryginał znajdował się u sióstr felicjanek w Krakowie, gdyż w domu nie można było trzymać urzędowego papieru z Rzymu, bez narażenia się na niebezpieczeństwo.
W pierwszych dniach października udała się Matka Franciszka Maria do biskupa Kazimierza Ruszkiewicza z prośbą o pozwolenie na otwarcie kaplicy, przedstawiając mu uzyskane pozwolenie w Rzymie. Biskup wtajemniczony od początku we wszystkie sprawy Zgromadzenia, chętnie udzielił tego pozwolenia ustnie, o którym nawet władze kościelne nie mogły wiedzieć, bo to naraziłoby je na szykany ze strony rządu zaborczego. Z drugiej strony nie wszyscy dostojnicy kościelni wtajemniczeni byli w sprawy zgromadzeń ukrytych, aby mogli spokojnie przed władzami, w razie śledztwa, tłumaczyć się, że o niczym nie wiedzą i żadnych pozwoleń i dokumentów, dotyczących tychże zgromadzeń nie wydają. Wszystko osłonięte było tajemnicą i nawet siostry zjednoczone, choć bliskie i sercem złączone z tą rodziną zakonną, nic o tym nie wiedziały.
Tym bardziej trzeba było zachować ukrycie i rozumną ostrożność, gdyż w tym czasie na terenie Warszawy, jak podawały gazety krakowskie, znajdował się szpieg rosyjski. Gedhen, który udawał pobożnego, chodził po kościołach i odpustach, obwieszał się różańcami i medalikami, a po nabożeństwie zaczepiał pobożne panienki, wchodził z nimi w rozmowę, odprowadzał i zapraszał do siebie i w ten sposób wyciągał od nich wiadomości o zgromadzeniach. Znalazły się zawsze takie naiwne, które zwabione jego pobożnością, opowiadały zwierzone im tajemnice. Najwięcej jednak szkody wyrządziły zgromadzeniom osoby, które zostały wydalone lub te, które wystąpiły.
Prawdopodobnie jego szpiegostwo przyczyniło się do późniejszych prześladowań ukrytych zgromadzeń.
Matka Franciszka z zachowaniem rozumnej ostrożności przystąpiła do pracy i urządzenia miejsca najgodniejszego dla Boga ukrytego w Najświętszym Sakramencie. Rozpoczęły się przygotowania, które tyle niosły ze sobą radości, a co więcej, napełniały serce Matki szczęściem, że już teraz będzie mogła swobodniej niż dotąd pozostawać na adoracji, wynagradzać i uwielbiać. Nieraz zatrzymywała się na chwilę, uśmiech opromieniał jej wyniszczoną twarz, a usta szeptały: Bóg z nami, Bóg z nami na zawsze, na co dzień. O Jezu, czy to nie za wiele szczęścia.
Najpierw wynajęła odpowiednie mieszkanie na trzecim piętrze, w tym samym domu. Pokój z osobnym wejściem przeznaczyła na kaplicę. Kupiła kielich, patenę, maleńką puszkę, dostosowaną do wielkości tabernakulum. Siostry szyły i haftowały szaty liturgiczne. Wszystko było piękne i bogate, bo ozdobione szczerą miłością i ubóstwem. Ołtarz w kształcie biurka zrobił jeden z braci dolorystów, był on tak skonstruowany, aby Pan Jezus pod postacią chleba był jeszcze głębiej ukryty w tym małym tabernakulum.
Tabernakulum było osłonięte zewnętrzną skrytką, która się podnosiła i tworzyła coś w rodzaju troniku, na którym w czasie Mszy św. stał krzyż. Tajemnicę otwierania i zamykania ołtarza znały tylko siostry, nawet kapłan odprawiający Mszę św. nic o tym nie wiedział, a przychodząc widział odsłonięte tabernakulum i urządzony ołtarz. Po Mszy św. wszystko było zamknięte, ołtarz zamieniony na biurko, tylko mała lampka, Paląca się w tym pokoju przed obrazem Oblicza Pańskiego, przypominała siostrom tę wielką tajemnicę, która tam się kryła. Na biurku stało zwykle trochę kwiatów dla ozdoby pokoju, w którym znajdował się jeden klęcznik i kilka ławek. Cały ten pokój robił wrażenie poważne, choć niezwykle uroczyste, nic jednak nie zdradzało Boga utajonego w Najświętszym Sakramencie. I wreszcie wszystko gotowe: ołtarz, tabernakulum, szaty i naczynia liturgiczne; pozostało tylko urządzić kapliczkę i zaprosić Pana Jezusa.
W czasie tych przygotowań s. Leontyna Helena Gałecka złożyła pierwsze śluby, dnia 10 października 1894 r., które przyjął od niej ks. Władysław Szczęśniak, Matka włożyła jej krzyż i pobłogosławiła jej na dalszą drogę życia. Cieszyła się, że Zgromadzenie coraz bardziej zespala się w jedno, a członkowie jego utrwalają się w powołaniu, realizując jego prace apostolskie.
Po uroczystości w rozmowie z ks. Władysławem Szczęśniakiem, wyjawiła mu swoją radość i prosiła go o odprawienie pierwszej Mszy św. Ks. Szczęśniak chętnie przyjął propozycję, zastrzegając, że jeżeli sam nie będzie mógł przyjść, to przyśle zaufanego kapłana z seminarium, w którym był profesorem.
Na tę uroczystość wyznaczono dzień 21 listopada 1894 r. i powiadomiono o tym biskupa Kazimierza Ruszkiewicza.
W przeddzień samej uroczystości Matka Franciszka Maria poleciła Teresie Filomenie Herman-Iżyckiej, przygotowującej się do wieczystych ślubów, aby to ubogie i maleńkie tabernakulum wykleiła białym adamaszkiem.
Wieczorem wniesiono ołtarz, postawiono kwiaty, słowem urządzono kaplicę. Dnia 21 listopada w uroczystość Ofiarowania Matki Boskiej przybył ks. Zygmunt Mścichowski, kapłan, wydelegowany przez ks. Władysława Szczęśniaka. Poświęcił kaplicę według rytuału rzymskiego i stanął u stopni ołtarza, aby złożyć Bogu Najświętszą Ofiarę. Matka klęczała razem z siostrami, wszystkie łączyła w jedno radość i wdzięczność, jaką zanosiły Bogu za tę wielką łaskę.
Za chwilę lekki dźwięk dzwonka i ledwo dosłyszalne słowa kapłana: "Hoc est enim Corpus meum".
W kornym uwielbieniu chylą się głowy; myśl i serce przylgnęło do Pana, Który w tym momencie zstąpił na ołtarz. Z oczu Matki płyną łzy szczęścia, a wargi szepcą "Pan mój i Bóg mój", ten Sam na tym ubogim ołtarzu, co w Bazylice Świętego Piotra. Ten Sam Bóg w kruszynie chleba, ta sama Ofiara zbawcza, o czegóż więcej pragniesz duszo moja. Bóg z tobą, cóż jeszcze może ci ofiarować, ofiarując Samego siebie. Płać Bogu za szaleństwo Jego miłości, szaleństwem twej miłości, oddaj Mu siebie na przepadłe.
Msza św. dobiega końca, a Matka trwa zespolona z Panem Jezusem, zapomniała o wszystkim, o kłopotach, sprawach i chorobie.
Wreszcie "Ite missa est" - idźcie, Msza św. się skończyła, czas rozpocząć waszą ofiarę, na którą wam błogosławi "Bóg Ojciec i Syn i Duch Święty".
Ksiądz odszedł od ołtarza, a Pan Jezus pozostał, by dzielić z Matką i siostrami pracę, modlitwy i cierpienia. Zaraz po Mszy św. rozpoczęły się godzinne adoracje, w czasie których siostry zalewały się łzami radości, patrząc na maleńkie tabernakulum, w którym raczył zamieszkać Bóg.
Matka Franciszka Maria była razem z nimi w kaplicy i w podniosłym nastroju ducha, jak Serafin płonący ogniem miłości, klęczała u stóp ołtarza, pogrążona w głębokiej adoracji, wielbiąc i dziękując Bogu za ten wielki cud.
Po południu odbyła się ceremonia pierwszych ślubów wieczystych, które złożyła s. Teresa Filomena Herman-Iżycka. Ceremonii tej dopełnił ks. Szczęśniak, z wielką pobożnością i gorliwością, pamiętając o wszystkich szczegółach. Matka pragnęła, aby ta uroczystość pierwszych ślubów wieczystych odbyła się z wielkim namaszczeniem i okazałością, jaka tylko była możliwa i aby przez to głęboko wyryła się w sercu ślubującej i w sercach sióstr obecnych na niej.
Siostra Teresa ubrana w białą suknię i welon zbliżyła się do stopni ołtarza i złożyła Bogu ofiarę na ręce Matki Franciszki, która, klęcząc z boku, podawała krzyż, welon i ślubną obrączkę. Pierwsza jej córka duchowa oddała się Bogu na zawsze i przyjęła Zgromadzenie Sióstr Najświętszego Imienia Jezus za rodzinę na wieki.
Pierwsze drzewko zasadzone Jezusową ręką, zakorzeniło się mocno w ziemi pod troskliwą opieką Matki Franciszki Witkowskiej, która z ufnością patrzyła w przyszłość, wierząc, iż Bóg da jej dziełu wspaniały wzrost i pomnożenie i On sam utrwali je na żyznej glebie Kościoła Świętego.
W kilka dni później przybył z wizytą biskup Kazimierz Ruszkiewicz, w towarzystwie ks. Ignacego Radzikowskiego. Chciał się naocznie przekonać, czy kaplica, na którą dał pozwolenie, została urządzona według przepisów liturgicznych.
Matka ogromnie się ucieszyła tą wizytą, oprowadzając Biskupa po wszystkich zakątkach mieszkania, opowiadała o pracy w Schronieniu i w domach na prowincji, o swej radości z rozwoju Zgromadzenia i rosnącej chwały Bożej.
Biskup słuchał, radził i zachęcał, a odchodząc, udzielił Matce i wszystkim siostrom błogosławieństwa. Matka Franciszka wyprowadziła biskupa i weszła do kaplicy, by jak co dzień powiedzieć Jezusowi o wszystkim i powtarzać nieustannie, każdym uderzeniem serca: "adoremus in aetemum Sanctissimum Sacramentum".
za: K. Trela, Za wolność Kościoła. Sługa Boża Franciszka Maria Witkowska, Warszawa 2005.
za: K. Trela, Za wolność Kościoła. Sługa Boża Franciszka Maria Witkowska, Warszawa 2005.